La Iglesia Católica en el Paraguay se ha caracterizado por la defensa irrestricta de los derechos humanos, ya desde épocas de la colonia, pasando por los distintos periodos de nuestra historia hasta nuestros días. Es así que, si bien en la primera década del gobierno de Stroessner, las relaciones han sido diplomáticamente cercanas, luego se convirtieron en cada vez más distantes.
Este trato diplomático inicial posibilitó incluso que a iniciativa del entonces arzobispo de Asunción, Mons. Aníbal Mena Porta, y de la Conferencia Episcopal en 1960 pueda crearse la Universidad Católica "Ntra. Sra. de la Asunción", que durante mucho tiempo fue el único espacio en el país en el cual se podría ejercer la libertad de pensamiento, de educación y de cátedra, que acogió en su seno incluso a muchos intelectuales de distintas corrientes de pensamiento.
