Con las Fuerzas Armadas, el stronismo realizó una depuración rigurosa que completó la que había sido iniciada en 1947 con el general Higinio Morínigo, como se evidencia en las purgas militares del 21 y 22 de diciembre de 1955, 1956, 1967 y en diciembre de 1962.
Es decir, se trata de purgas que buscaban afirmar la lealtad al "único líder", depurando la oficialidad de la influencia de otros caudillos colorados. Una vez depurados los jefes y oficiales políticamente desleales, aseguró que le apoyaran con ascensos y concesiones de puestos en instituciones del Estado, asignación de tierras fiscales, protección del contrabando y narcotráfico.
El apoyo incondicional de las Fuerzas Armadas le dio a Stroessner respaldo armado y coercitivo para controlar y reprimir a la sociedad.
